Az 1996-ben megalakult nemzetipark-igazgatóság működési területe közel 495 km², az igazgatóság központja Pécs.

Természeti képének formálásában a víz játszotta a főszerepet. A két folyó, azok víztömege határozta meg a sokféle élőhely kialakulását, melyeken színes élővilágot találunk. A nemzeti park szinte teljes területe az egykori ártéren található. A Duna mentén a Sió-csatorna torkolatától a déli országhatárig húzódik a védett terület. Itt található Gemenc és Béda-Karapancsa, melyek az Alföld részei. A Duna zátonyai durva homokból épülnek fel, ezért alacsony vízálláskor meglehetősen kiszárad a termőhely. 

Gemenc és Béda-Karapancsa madarai közül a fekete gólya és a rétisas állománya európai jelentőségű. A legnagyobb hazai feketególya-populáció megvédése a nemzeti park kiemelt feladatai közé tartozik. A rétisas Európa egyik legritkább ragadozó madara, mely évtizedeken keresztül használja hatalmas, nagy magasságban épített fészkét. A gémfélék közül a nádasokban fészkelnek a kis kócsagok, nagy kócsagok, bakcsók, vörös gémek, és néhány pár bölömbika. A terület déli részén a nyári lúd szigetszerű előfordulású. A vonulási időszakban madárvendégek ezrei találnak táplálkozó- és pihenőhelyet az ártéren.

A Zselici Tájvédelmi Körzet 2009-ben – Európában elsőként – kapta meg a Zselici Nemzetközi Csillagoségbolt-park nívós címet.